وجود برخی موانع از نتایج مستقیم عدم آمادگی کافی در‌سازمان است. برای مثال، در بررسی نظرات بیش از ۵۰۰ نفر از اعضای پروژه‌های CRM که توسط موسسه تحقیقاتی فورستر انجام گرفته بود، حدود دو پنجم
(۴۰ درصد) اظهار داشتند که مهم‌ترین چالش پیش روی چنین پروژه‌هایی مربوط به ضعف استراتژی CRM نظیر عدم تعیین شفاف اهداف است. سایر موانع اجرای موفق پروژه‌های CRM تحت تاثیر ابزارهای مورد استفاده است. در پژوهشی که توسط موسسه تحقیقاتی فورستر انجام گرفته است، ۳۰ درصد شرکت‌کنندگان به چالش‌هایی اشاره کرده‌اند که ارتباط مستقیمی با ضعف فناوری دارند.
خوشبختانه در حال حاضر اکثر مشکلات مربوط به انتخاب استراتژی CRM و انتخاب راه‌حل‌های مناسب CRM به خوبی رفع شده‌اند. اما کسب‌وکارهای مختلف همچنان با چالش‌هایی در مسیر پیاده‌سازی پروژه CRM روبه‌رو هستند. روشن است که برای موفقیت هر چه بیشتر در اجرای پروژه‌های مذکور باید با چنین چالش‌هایی مقابله کرد.
اطلاعات
بیل باند، معاون و تحلیلگر ارشد موسسه تحقیقات فورستر، به یکی از رایج‌ترین مشکلات بنگاه‌های اقتصادی در این زمینه اشاره می‌کند.
«بسیاری از مشکلات به واسطه عدم توجه مدیریت به میزان اهمیت داده‌های مشتریان در مراحل آغازین پروژه است. در واقع آنان نمی‌دانند که در آینده به چه اطلاعاتی نیاز خواهند داشت، چگونه این اطلاعات را جمع‌آوری و آن را مدیریت خواهند کرد. برنامه‌های کاربردی مدیریت ارتباط با مشتری هم چون پایگاه‌های داده تقریبا منطقی هستند و اگر داده‌های نامناسب در اختیار آنها قرار داده شود، در نهایت نتایج غیر قابل قبول خواهند بود.»
ریچارد بوردمن، بنیانگذار موسسه مشاوره Mareeba، اضافه می‌کند: «سیستم‌های خوب، داده‌های خوب می‌خواهند و اگر استفاده از سیستم جدید منوط به استفاده از داده‌های فراوان است، واضح است که به اطلاعات باکیفیتی نیاز داریم.»
«بسیاری از ‌سازمان‌ها از منابع اطلاعاتی قوی برخوردارند، ولی کیفیت اطلاعات به طرز شگفت‌انگیزی پایین و ضعیف است. بدیهی است که پاکسازی اطلاعات امری وقت‌گیر است، اما ابزارهایی به این منظور طراحی شده‌اند که فرآیند را بسیار آسان‌تر کرده و نیاز به برون‌سپاری را به‌طور کامل از بین می‌برند.»
به باور وی مشکل این است که‌سازمان‌ها با پیچیدگی‌های مختلف این حوزه به‌طور کامل آشنا نیستند. به باور آنها داشتن چند فایل اکسل و اطلاعات موجود در آنها بهترین راه‌حل است. در واقع انتظارات مختلفی مبنی بر میزان اطلاعات مورد نیاز سیستم وجود دارد. بنابراین در قدم اول باید قادر باشید این گروه را با «اطلاعات مفید» آشنا کنید. این بهترین روش برای حل مشکل اطلاعاتی است و مرحله‌ای کلیدی برای پیاده‌سازی پروژه مدیریت ارتباط با مشتری محسوب می‌شود.

فرآیندها
بنا بر یافته‌های پژوهش موسسه فورستر، پیاده‌سازی crm همواره با مشکلی تحت عنوان فرآیندهای کسب‌وکار مواجه است.
در این مطالعه نزدیک به نیمی از شرکت‌کنندگان پذیرفتند که عدم موفقیت پروژه‌های مدیریت ارتباط با مشتری ارتباط  تنگاتنگی با ضعف در تبیین الزامات کسب‌وکار، طراحی نامناسب فرآیندهای کسب‌وکار و نیاز به انطباق راه‌حل‌های سفارشی‌سازی‌شده با الزامات منحصربه‌فرد ‌سازمانی دارد. دیوید تیبر، مدیرعامل شرکت SalesLogistix  اشاره می‌کند که اجرای موفق پروژه‌های crm درواقع به معنی موفقیت در ایجاد یک تغییر بزرگ در کسب‌و‌کار است.
به نظر اد تامپسون معاون و تحلیلگر ارشد موسسه پژوهشی گارتنر، بروز تعارضات بین بخش‌ها و دپارتمان‌های مختلف، درحالی‌که سعی در همکاری با یکدیگر دارند، امری گریزناپذیر است. بهترین مثال طرحی است که به‌منظور اجرای برنامه فروش متقابل اجرا می‌شود.
اجرای آزمایشی این طرح موفقیت‌آمیز بوده و براساس مدلی خاص، مشتریانی که تمایل به خرید یک بسته پیشنهادی دارند و گروهی از مشتریان که باید در جریان اجرای طرح قرار بگیرند، شناسایی می‌شوند. طرح اجرا می‌شود و نرخفروش و درآمد به طرز چشمگیری افزایش پیدا می‌کند.
مدیر خدمات مشتریان اعلام می‌کند گروه او به موجب اجرای این طرح مجبور به افزایش میانگین تماس خود بامشتریان به سه دقیقه شده است، زیرا اجرای این طرح مستلزم انجام مجموعه‌ای از مراحل است و زنجیره فعالیت تفاوت چشمگیری با زنجیره پیشین دارد. به دنبال چنین اظهاراتی وی خواستار افزایش ۵۰۰ نیروی بیشتر به تیم و تخصیص بخشی از بودجه واحد بازاریابی به این واحد می‌شود. بخش بازاریابی با چنین درخواستی مخالفت می‌کند و به دنبال آن تیم خدمات مشتریان از اجرای کامل طرح باز مانده و درنهایت کل پروژه مدیریت ارتباط با مشتری با شکست مواجه می‌شود.
با اینکه فناوری مورداستفاده، فرآیندها، طرح آزمایشی همه در سطح قابل قبولی بودند، تعارض موجود مانع بزرگی در مسیر اجرای طرح می‌شود.

افراد
بنا بر پژوهش موسسه فورستر، قریب به نیمی از مشکلات پیش روی پروژه‌های crm مربوط به افراد است. حدود  ۴۲ درصد شرکت‌کنندگان در این پژوهش در این خصوص به مشکلاتی نظیر کم کاری کارکنان، توجه ناکافی به مدیریتتغییر و برنامه‌های آموزشی و وجود مشکلاتی در هماهنگی فرهنگ‌سازمانی با روش‌های جدید کار اشاره می‌کنند.
بیل باند توضیح می‌دهد که مهم‌ترین چالش‌های مرتبط با افراد در اجرای پروژه‌های crm شامل مقاومت در قبال اتخاذ راهکارهای جدید(۴۵ درصد)، مشکلات ایجاد ارتباط بین کاربر و سیستم (۴۴۴ درصد)، برنامه‌ریزی ناقص و عدم توجه بهمدیریت تغییر(۴۲ درصد) هستند.
باند از رهبری‌سازمانی به‌عنوان یکی از عوامل موثر در رفع موانع مذکور یاد می‌کند. او می‌گوید: «بهتر است در این خصوص از توانایی مدیران ارشد در برقراری ارتباط و انتقال اهمیت پروژه اطمینان حاصل کنید.
فراموش نکنید برنامه مدیریت تغییر مناسبی داشته باشید، افراد باید بدانند امور چرا باید تغییر کنند، ابزارهای تغییر باید  در اختیار آنان قرار گیرد و آموزش‌های مناسب در این خصوص در نظر گرفته شود، به این ترتیب محول کردن نقش‌های جدید به آنان راحت‌تر خواهد
بود.»
بردمن در این رابطه بر اجرای آزمایشی و ارزیابی میزان پذیرش در قالب «فاز آزمایش پذیرش کارکنان» تاکید دارد.
این امر فرآیندی کاملا طولانی و شگفت‌آور است و به جرات می‌توان گفت: تمامی کارکنان در آن شرکت خواهند داشت. اجرای آزمایشی تک‌تک مراحل چندان غیرمعمول نیست. در واقع در این مرحله است که الزامات به‌طور روشن قابل شناسایی خواهند بود. اجرای آزمایشی طرح در طول چند ماه کمک بزرگی به پیاده‌سازی موفق پروژه crm در بلندمدت دارد.
در واقع مطالعه بازخوردهای کارکنانی که در طول این فاز طرح را اجرا می‌کنند، بهترین ابزار برای رفع مشکلات بالقوه طرح است. در نهایت بزرگ‌ترین مشکل پیش روی پروژه‌های crm در این بخش عدم انطباق‌پذیری کارکنان با سیستم بوده و یک سیستم موثر crm مستلزم به‌کارگیری مداوم و نظام‌مند است. در طول این سال‌ها، صنعت crm دریافته است که مهم‌ترین چالش پیش روی سیستم‌های crm پذیرش کاربرد آن در میان کارکنان است. واضح است که ادعای ارائه‌کننده سیستم crm درخصوص «سهولت‌کاربرد» نیز تضمینی بر این امر نخواهد بود.
اگر به دنبال اجرای فرآیندهای کسب‌وکار از طریق یک سیستم crm هستید باید کارکنان را نسبت به استفاده از آن  ترغیب کنید، در غیر این صورت خروجی موردنظر قابل دسترس نخواهد بود. اگر به‌دنبال ارزش افزوده هستید، باید به‌نحوی ساختاریافته و مستمر از سیستم استفاده کنید. البته به یاد داشته باشید کارکنان شما صرف حضور در دوره‌های آموزشی و آشنایی با سیستم در تحقق این هدف تاثیرگذار نخواهند بود. بنابراین به‌منظور بررسی سیستم و شناسایی و حل مشکلات کاربرد آن به ساختار‌ها و زیرساخت‌های فراوانی نیاز خواهید داشت.
در این قسمت به نکاتی کلیدی در خصوص پیاده‌سازی پروژه مدیریت ارتباط با مشتری می‌پردازیم:
رویکردی تدریجی داشته باشید:
طرح خود را به صورت آزمایشی و در میان گروهی کوچک به اجرا بگذارید. این مرحله به‌عنوان فاز ارزیابی داخلی موثر خواهد بود. علاوه‌بر این اعضای این تیم نقش بسیار مهمی در پذیرش طرح در مراحل آتی خواهند داشت.
فشار راهگشا نیست:
مجبور کردن افراد به کاربرد سیستم منجر به ایجاد مقاومت و خشم در بین آنان می‌شود. به آنان ثابت کنید که این کار از اتلاف زمان جلوگیری کرده و حتی منجر به افزایش میزان فروش می‌شود.
از مدیران بخواهید از سیستم استفاده کنند:
اگر سیستم crm یکی از استراتژی‌های فروش‌سازمان شما است، پس باید همه اعضای ‌سازمان به زبانی واحد از آن سخن بگویند.
از سیستم واحد گزارش‌دهی استفاده کنید:
این وظیفه مدیران ارشد است که نسبت به تهیه هر گونه گزارش از طریق یک سیستم واحد تاکید داشته باشند. کارکنان به‌زودی و به مرور زمان ارزش استفاده از یک سیستم واحد نسبت به روش‌های قدیمی را درک خواهند کرد.